Je comprend vos interogations, et je vois bien quels sont les points qui vous posent problème. Etant biologiste de l'évolution, je vais pouvoir vous donner des explications.

Tout d'abord, sachez que la meilleure façon de se convaincre de l'évolution, c'est de comprendre l'algorithme de la sélection naturelle. Imaginez deux lapins. Ces lapins ont des différences génétiques (acquises par mutation) conduisant l'un a courrir plus vite que l'autre (pattes plus longues, système cardio-vasculaire plus résistant). Un loup arrive, le lapin courant le moins vite est mangé, l'autre en profite pour se faire la belle. Ainsi se répéte l'histoire un grand nombre de fois dans la population de lapins. Dès lors, la population de lapin à évolué : des particularités génétiques désaventageuses ont été éliminées, les autres ont survécu. Les lapins qui survivent le plus longtemps font davantage de petits et leurs transmettent leurs patrimoine génétique, ces petits ont tendance à courrir vite, comme leurs parents. C'est aussi simple que 2 et 2 font 4, ça ne peut simplement pas, mathématiquement, en être autrement.

Passons aux réponses désormais :
Nous sommes en général tout à fait capables de distinguer les ressemblances héritées d'un ancêtre commun (les homologies) des ressemblances qui n'ent sont pas (on les appelle des convergences).

En effet les ailes des papillons, des chauves-souris, et des oiseaux sont des convergences. C'est très facile à voir lorsque l'on regarde leur structure interne et le reste des caractères (on determine l'apparentement sur plusieurs dizaine de caractères, pas un seul, ce qui permet d'éviter ce genre de piège). Ces convergences sont facilement explicables par des conditions de sélection similaires. En science, il faut répliquer pour valider des hypothèses. Les convergences sont des réplicats naturels, ce sont les cas les plus intéressants quand on recherche les explications de l'évolution d'un trait.

En ce qui concerne les aspects morphologiques vs génétiques, les analyses génétique ont confirmé dans la plus grande majorité des cas les relations phylogénétiques qui avaients été établies.

En ce qui concerne les "relicats" (traits régréssés). J'espère bien que vous avez tort, car sinon on a de quoi s'inquiéter pour tous les gens à qui on a enlevé l'appendice pour cause d'appendicite :).

En ce qui concerne la citation de Michael Denton, elle est très intéressante, mais votre interpretation est erronée. Il y a longtemps que l'on lutte contre l'appellation "chaînont manquant", car elle correspond a une vision erronée de l'évolution. Cette appelation suggère que l'évolution procède par "sauts", a la manière des x-men, et que chaque étape serait bien distincte. En réalité, l'évolution est graduelle. Chaque individu est un chaînon, et il faudrait donc retrouver tous les individus ayant vécu sur Terre pour avoir tous les chaînons, ce qui n'est bien entendu pas possible.
De plus, nous savons maintenant lorsque nous retrouvons un fossile, qu'il n'est qu'un minuscule échantillon de ce qui vivait par le passé. Ainsi, si nous pouvons retrouver son apparentement aux espèces vivantes, nous ne pouvons généralement pas conclure quand à savoir s'il est une espèce ancêtre des espèces connues aujourd'hui, ou s'il est une espèce cousine de l'espèce ancêtre, qui n'aurait elle aucun descendant aujourd'hui. Nous nous interdisons donc même de parler de chaînont. En ce qui concerne les aspects moléculaires, le raisonement est le même.
Nous nous interdisons également de parler désormais d'espèce "primitve" ou "ancestrale" quand on parle des espèces vivant aujourd'hui, car toutes les espèces dérivant d'un même point, elles ont toutes exactement le même temps d'évolution. Ces adjectifs étaient donc subjectifs, guidés par le sentiment anthropocentriste de supériorité humain, qui considerait comme primitif tout ce qui etait le plus éloigné de lui d'un point de vue phylogénétique.

En ce qui concerne Ida, je ne n'ai rien compris a vos allégations, je ne pourrais donc pas y répondre.

Pour terminer, je voudrais signaler que l'évolution n'est plus une théorie. C'est une discipline à part entière aujourd'hui. Je dirais qu'en France, plusieurs centaines de biologistes expliquent tous les jours de nouvelles données à la lumière de la biologie évolutive. L'enjeu est majeur. Sans ces explications, nous serions completement impuissants face à l'emergence des résistances (des insectes aux insecticides, des plantes aux herbicides, des bactéries aux antibiotiques), nous serions également impuissants dans la compréhension des extinctions et de la perte de biodiversité (l'évolution est la seule discipline permettant de comprendre l'effet de la fragmentation d'un paysage sur une population).

Très cordialement,

A.C.

1- Les structures homologues ne prouvent pas l’évolution

Charles Darwin a tiré profit du fait qu’il existe des organes et des traits similaires parmi ces espèces. Il a exploité les structures similaires (homologues) comme  appuie à sa théorie. De simples traits similaires prouvaient une relation évolutionnaire les unes par rapport aux autres. Encore une fois Darwin ne s’appuyait sur aucune preuve. Inutile de vous dire qu’on n’a jamais trouvé des fossiles de l'ancêtre commun des créatures avec des structures similaires. Tout était basé sur la ressemblance physique. Des espèces qui ont des organes homologues, sont complètement différents les uns des autres du côté du code génétique. Ainsi donc, parce qu’ils partagent une structure osseuse à cinq doigts, les évolutionnistes ont enseignés ou enseignent encore que la nageoire du dauphin, l’aile de la chauve-souris et la main humaine on un ancêtre commun.  Cependant nous savons aujourd’hui que ces structures sont contrôlées par des gènes très différents d’une espèce à l’autre. C’est comme dire un dauphin est un poisson parce qu’il ressemble à ce dernier ou la chauve-souris est un oiseau parce qu’elle a des ailes. Ailes d’ailleurs qui sont aussi  partagées avec les insectes et même les poissons volants.  Ce n’est que des ressemblances, mais les évolutionnistes ont habillement exploités les similitudes.   

2- Les organes atrophiés 

Parce qu’on ne leurs connaissaient pas de fonctions apparentes à une certaine époque, les évolutionnistes prétendaient que c’étaient des "organes atrophiés" vestige de l’évolution hérité de leurs ancêtres. Comme d’habitude aucunes preuves n’appuyaient ces prétentions. Une bonne centaine de faux ‘’organes atrophiées’’ figuraient sur la liste des évolutionnistes. Si mes souvenirs sont bons, d’une centaine d’organes supposément atrophiés, je pense que toutes les fonctions ou presque ont été découvertes.  

3- Les similitudes moléculaires?

Selon des évolutionnistes, du côté moléculaire on prétend que plusieurs espèces on les structures des protéines similaires prouvant des ancêtres communs.

Laissons un biologiste évolutionniste auteur de «L’évolution : une théorie en grise» Michael Denton répondre :

«Au niveau moléculaire, chaque catégorie est unique, isolée et non liée par des intermédiaires. Tout comme les fossiles, les molécules n'ont pas réussi à fournir les intermédiaires manquants si longtemps recherchés par la biologie évolutionniste. Au niveau moléculaire, aucun organisme n'est considéré "ancestral", "primitif" ou "avancé" en comparaison avec d'autres organismes de la même espèce. Il n'y a presque pas de doute que si cette preuve moléculaire avait été disponible il y a un siècle. L’idée de l'évolution organique n'aurait peut-être jamais été acceptée.» Evolution: A Theory in Crisis, 1986, pages 290-91

L’exploitation en 2009 des pseudos similitudes du faux chaînon-manquant Ida.

On a prétendu qu'Ida avait un pouce opposable, et que cette particularité était différente de celle des autres mammifères mais identique avec celle de l'homme. Cependant, les pouces de tous les lémuriens vivants aujourd'hui ont un pouce opposable. Qu’en a leurs ongles, les autres primates en possèdent aussi. Alors que la structure de la patte du lémurien est complètement différente du pied de l’homme. Un seul os pouvait être comparé à celui-ci et on déclara l'astragale (rangée postérieure du tarse) d'Ida identique! La dentition et ses griffes sont  légèrement différents des espèces d’aujourd’hui. Ils ne possèdent pas de griffes de toilette. Les lémuriens d’aujourd’hui n’en ont pas également. Il n’a rien qui soit semi-développée, déficiente ou anormale comme l’exige l’évolution. Trop peu de médias dits sérieux ont mis en garde cette conclusion frauduleuse. Heureusement l’évolutionniste Henry Gee a été un des rares à faire bande à part. Le rédacteur de la prestigieuse revue Nature désapprouvait l’utilisation du terme chaînon-manquant.

L’obscurantisme créationniste

ou pourquoi la religion n’aime pas l’idée d’évolution.

Pourtant, il ne faut pas sous-estimer cet apparent enfantillage, qui appelle magiquement à se soumettre, car la fable religieuse est dangereuse. L’obscurantisme des lobbies bibliques⁽²⁾ justifie le fanatisme. Et après avoir amalgamé « l’anarchie » des insectes et la confusion, il n’est pas un jour sans que l’on nous assène le terme de « créatures » au lieu de parler d’animaux comme si cette pesanteur idéologique pouvait broyer peu à peu nos cerveaux. Toutefois, on va voir que ce que racontent le guépard et la gazelle suffit à répliquer.

Mais pourquoi la tromperie dévote s’attaque-t-elle systématiquement à l’évolution biologique quand cependant bien des biologistes sont objectivement plutôt de droite, sans même citer les fidèles tenants des biopouvoirs et du fichage génétique qui hantent nos universités. Pourquoi alors, voit-on les croyants de tout poil s’enflammer contre le fait évolutif et diaboliser les biologistes, après avoir brûlé tant de sorcières ?

L’évolution est un fait. L’explication scientifique de ce fait a débuté avec le français Jean-Baptiste de Lamarck, puis s’est développée avec Charles Darwin et Alfred Russel Wallace à travers la théorie de la sélection naturelle et la théorie de la sélection sexuelle⁽³⁾. De nombreuses matières scientifiques traitent de l’évolution biologique et parmi elles, la paléontologie qui étudie les fossiles et la biologie évolutive qui travaille sur les espèces et leurs divergences. En découvrant que plusieurs espèces de pinsons des Galápagos s’étaient différenciées d’île en île, Darwin faisait de la biologie évolutive. L’adaptation constitue souvent le facteur de divergence des espèces. En triant parmi les variations aléatoires, l’environnement laisse provisoirement certains individus se reproduire mieux que d’autres, c’est l’adaptation. L’humain, donc, évolue également.

Et voilà que le croyant zélé se veut aussi adaptationiste, l’animal selon lui est « parfaitement » adapté à son environnement et cette apparente perfection serait le signe fantastique de l’intervention divine. Dans sa version la plus sournoise, la perfection serait due à un intelligent design qui gouvernerait l’univers. Il ne reste plus qu’à le nommer Jehova, Allah ou Christ. Le guépard est divinement adapté à la prédation. La gazelle est exactement perfectionnée pour lui échapper. Triant au sein du vivant, le commentaire religieux exhibe alors la plume parfaite, l’œil exemplaire ou un autre quelconque organe tellement bien réussi qu’il témoignerait absolument de l’assistance des dieux.

Des dieux en effet, car la brillante démonstration monothéiste navigue à vue dans un brouillard finaliste (la fin expliquerait les moyens) mais cette brume recèle un argumentaire assez peu performant pour un dieu en solo. Car même à les croire, il faudra bien admettre que le dieu du « parfait » guépard fait tout de même tout pour réduire à néant les fameuses « perfections » octroyées à la gazelle. Probable que le dieu herbivore ne soit pas non plus d’accord avec le dieu des carnivores, puisqu’il ferait son misérable possible pour soumettre à une insoutenable famine la belle maman guépard et ses pauvres petits. N’offre-t-il pas, ce dieu des gazelles, des cornes pour lutter et des sabots « parfaits » pour s’enfuir, condamnant notre guépard à l’échec. Que ne faudrait-il pas aussi parler du dieu des puces (animal si parfait) qui prélève sa dime sur le dit guépard! Bref, les dieux n’en ont jamais assez de cette fameuse perfection. Ils s’avèrent bien incapables de s’y arrêter, prolongeant sans cesse la soi-disante perfection des crocs contre celle des cornes. Ces dieux impuissants n’accompliraient la « perfection » de l’un que contre la « perfection » de l’autre sans jamais y réussir. On l’aura compris, l’argument « perfection » n’a guère de sens en biologie évolutive. Dans un relent d’optimisme, on aurait pu supposer que ces gloses créationnistes aient le moindre mérite d’obliger les scientifiques à travailler leurs analyses, voire même à les modifier. Mais, non, la pseudo-critique religieuse de l’évolution est si indigente qu’elle ne permet même pas d’apporter une once d’idée cohérente. Il suffit d’un guépard et d’une gazelle pour mettre en déroute toute la dissertation pieuse.

Mais alors, pourquoi l’obscurantisme travaille-t-il si dur à s’opposer à l’idée même d’évolution ? Et ici, tous les monothéismes sont partenaires. En faisant appel à la sujétion de la pensée, l’hostilité contre l’évolution biologique est une tentative pour justifier l’ordre du monde. Cet ordre scélérat qui organise que la pauvreté et la souffrance des uns profitent à certains autres. Mais la bataille contre la biologie est aussi un pacte anthropomorphique. En soutenant l’idée d’une création, la religion fait de l’homme le roi de l’exploitation du monde. L’humain peut rançonner la terre, exploiter les autres, femmes et enfants, mais surtout, il ne doit pas réfléchir. Tout est soluble dans un grand discours fanatique. Car pour le crétintioniste, la raison est une ennemie impie, l’esprit pourrait venir au peuple ! Il s’agit bien d’une vraie offensive antirationaliste⁽⁴⁾. Contre ce lancinant travail réitéré des obscurantistes, il nous faut développer la réplique d’universités populaires, il faut organiser mille conférences, mille débats pour étudier l’évolution, comprendre le vivant…

Parbleu, à cette heure précise de l’holocène, il faut bien de l’embarras dans la tête pour voir dans la sexualité exubérante des habitants animaux de notre planète autre chose que cette merveilleuse vie, qui diverge, entraînant à chaque différence, un petit morceau d’évolution…de cette évolution subtile qu’on peut même dire avec les fleurs…

Thierry Lodé

Professeur de biologie évolutive

(C'est l'auteur de "la Guerre des sexes chez les animaux" O Jacob et bien d'autres).

(1) Ce terme dérive probablement des langages néolithiques, et se retrouve dans le néo et l’Hélios des grecs par exemple.

(2) Selon Wikipedia, le sénateur français Guy Lengagne (PS) a vu son rapport Les dangers du créationnisme dans l'éducation retiré au dernier moment de l'agenda de la réunion du Conseil de l'Europe en juin 2007, sous la pression du parlementaire belge ultraconservateur Luc van den Brande, président du Conseil. Après révision le document a été de nouveau présenté par le parlementaire britannique M. Grayson et une résolution a été votée le 4 octobre 2007.

(3) Sommairement, la sélection sexuelle est la meilleure reproduction des individus pourvus de caractères non adaptatifs (les bois des cerfs, la gorge rouge du rouge-gorge, la queue du paon etc…).

(4) Voir par exemple : http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosevol/decouv/articles/chap1/lecointre5.html